يتكون للمجلس موازنة يتم اقتراحها من المدير العام بعد دراستها بالشئون المالية وتعرض على الهيئة التنفيذية لتدارسها ومراجعتها ومن ثم اعتمادها من مجلس وزراء الصحة لدول مجلس التعاون لدول الخليج العربية .
ويتم تمويل الموازنة السنوية للمكتب التنفيذي من حصص الدول الأعضاء وبنسب متساوية وتغطى ما نسبته 70 % من المبلغ الاجمالي للموازنة وتسدد قيمة الحصص المقـررة لكل دولة باسم المكتب التنفيذي في بداية السنة المالية لكل دورة ، ويتم تغطية باقي المبلغ ( 30 % ) من برامج المكتب التنفيذي المختلفة .